ฟิสิกส์โมเลกุล เป็นศาสตร์ที่ศึกษา คุณสมบัติพื้นฐานทางกายภาพที่เกี่ยวข้องกับ โมเลกุล (โครงสร้างที่ประกอบไปด้วยอะตอมมากกว่าหนึ่งตัว) เช่น การศึกษา ชั้นพลังงานที่มีในโมเลกุล, สถิติทางควอนตัมของโมเลกุล, พันธะระหว่างอะตอมที่ประกอบกันเป็นโมเลกุล, การทำปฏิกิริยาระหว่าง โมเลกุล กับ อะตอม, โมเลกุล กับ โมเลกุล และ โมเลกุล กับ แสง